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Elisabeth Bik

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Elisabeth Margaretha Harbers-Bik, née en , est une microbiologiste néerlandaise spécialisée en intégrité scientifique[1]. Bik est connue pour son travail de détection de la manipulation frauduleuse des photos dans les publications scientifiques et pour avoir identifié plus de 400 faux articles de recherche publiés en Chine par une usine à articles[2],[3],[4]. Bik est la fondatrice de Microbiome Digest[5], un blog avec des mises à jour quotidiennes sur la recherche sur le microbiome, et du blog Science Integrity Digest[5],[6],[7].

Biographie[modifier]

Éducation[modifier]

Elisabeth Bik est née aux Pays-Bas. Elle étudie la biologie à l’université d’Utrecht, où elle obtient son doctorat pour ses recherches sur le développement de vaccins contre de nouvelles souches de Vibrio cholerae impliquées dans des épidémies de choléra en Inde et Bangladesh[8]. Son doctorat et ses études postdoctorales ont été réalisés au département de microbiologie moléculaire de l'Institut national de la santé publique et de l'environnement à Bilthoven[9].

Carrière dans le secteur public[modifier]

Après l’obtention de son doctorat, elle travaille pour l'Institut national de la santé publique et de l'environnement à Bilthoven et l’hôpital Saint-Anonius à Nieuwegein. Elle y a organisé le développement de nouvelles techniques moléculaires pour l’identification d’agents infectieux[10],[11].

Carrière académique[modifier]

En 2001, elle s'installe en Californie pour rejoindre l’équipe de David Relman (en) à l’université Stanford. Ses travaux explorent la diversité interindividuelle des microbiomes humains[12],[13]. Elle démontre notamment que les micro-organismes associés à la cavité buccale humaine sont différents de ceux présent dans le système digestif[14].

Elle collabore avec l’office of Naval Research pour étudier le microbiome des dauphins et lions de mer à San Diego. Ses recherches montrent que les micro-organismes associés à ces animaux sont distincts de ceux associés aux autres espèces de mammifères[15].

En 2014, elle crée le blog Microbiome Digest, où elle rédige des comptes-rendus et commentaires des dernières publications scientifiques en microbiologie. Le blog connaît rapidement un succès, et Bik sollicite l’aide de collègues sur Twitter pour en gérer le contenu[5].

En 2015 devient membre du jury "Mo Bio Microbiome Awards" qui deviendra le "Qiagen Microbiom award" avec le rachat de Mo Bio Laboratories par Qiagen. Elle quitte ses fonctions en 2018 (cette année, la dotation du prix Qiagen fût de 100 000 $[16]).

Carrière dans le secteur privé[modifier]

En 2016, Elisabeth Bik quitte l’université de Stanford et travaille chez uBiome (en), une compagnie spécialisée dans le séquençage du microbiome humain[17]. Elle copublie une étude sur les liens entre biotome vaginal et HPV[18][pertinence contestée]. Elle quitte la start-up en 2018, quelques mois avant que l'entreprise soit poursuivie pour des problèmes sans lien avec elle-même[17] touchant à des surfacturation et des ventes forcées[19]. Elle rejoint pendant quelques mois une autre société du secteur des biotechnologies, avant de cesser ses activités rémunérées en 2019 et se consacrer entièrement à ses recherches sur les fraudes photographiques et à l’analyse de l’intégrité de papiers scientifiques[17].

Intégrité scientifique[modifier]

Blogs et influence sur internet[modifier]

Elle est la fondatrice du blog Science Integrity Digest, dans lequel elle rapporte des cas d'atteinte à l'intégrité de certaines publications scientifiques[5],[6],[7],[20]

Elle est une contributrice active des plateformes Retraction Watch et PubPeer, où elle rapporte les publications présentant des images et données falsifiées, dupliquées ou discutables[21],[22],[23].

Active sur Twitter où elle est suivie par plus de 60 000 personnes, elle publie régulièrement des images scientifiques potentiellement problématiques. Ses efforts ont permis de mettre en lumière plusieurs cas de grave négligence scientifiques[17].

Travaux généraux sur les malfaçons scientifiques[modifier]

En 2018 et 2019, elle publie une étude sur les duplications d'images problématiques[24].

Avec Arturo Cassadevall (en) et Ferric Fang (en), elle publie un rapport dans mBio (en) montrant l’importance des manipulations d'images pour les cas observés d'inconduites scientifiques en recherche biomédicale[25]. Les images de plus de 20 000 publications scientifiques publiées dans 40 journaux scientifiques de 1995 à 2014 sont visuellement explorées[23]. Les auteurs rapportent que 3,8 % des papiers étudiés présentent un ou plusieurs images manipulées[26]. En 2017, elle déplore le manque de rigueur des reviewers (réviseurs) ainsi que le manque de réponses des auteurs à ses interrogations[27].

En 2019, Bik annonce sur Twitter qu’elle compte consacrer une année à plein temps à ses recherches sur les négligences scientifiques[28]. Elle estime qu'elle a passé environ 5 000 heures à examiner des articles scientifiques au cours des cinq précédentes années. Au cours de ce processus, elle estime avoir identifié près de 2 000 articles comportant des images problématiques[29].

Son analyse récente de près de 1000 publications scientifiques dans le journal Molecular and Cellular Biology montre que 6,1% des publications contiennent des images dupliquées. Parmi ces publications problématiques, seulement 10% ont été rétractées[30]. Dans un journal scientifique spécialisé en oncologie, Oncotarget, elle identifie 14% d'articles ayant des images problématiques[31].

Elle est la co-auteure d’une étude suggérant que « la culture académique, le contrôle par les pairs, la rémunération des publications » sont des facteurs qui influencent l’intégrité scientifique[32].

En 2018, elle est invitée dans le podcast scientifique « Everything Hertz » pour discuter de ses efforts pour assurer l’intégrité des publications scientifiques[33].

Découverte de l'usine de publication « Tadpole Paper Mill » [modifier]

En février 2020, la revue Science annonce qu'Elisabeth Bik a révélé[34] l'existence d'une usine à fausses publications scientifiques chinoise ayant réutilisé les mêmes images dans 400 articles différents publiés surtout en 2018-2020[2],[3]. Elle nomme cette usine à publication tadpole (têtard en anglais) en raison de la ressemblance des bandes de Western blot avec les têtards. Bik estime que le nombre de ces articles frauduleux pourrait se compter par milliers. Elle critique le peu de contrôle de la qualité éditoriale des revues appartenant à des grands groupes[4].

Suspicion de fraude scientifique envers Didier Raoult[modifier]

Selon Elisabeth Bik, plusieurs articles[35] publiés par Didier Raoult et ses équipes à partir de 2001 présentent des problèmes de méthodologie et de falsification ou manipulation des données[36],[37],[38].

En mars 2020, commentant la publication des résultats d'un essai clinique de Didier Raoult sur l'effet de l'hydroxychloroquine contre le Covid 19, elle pointe un conflit d'intérêts (le rédacteur en chef de ce journal Jean-Marc Rolain[39] est à la fois le coauteur de l'article et son subordonné à l'Institut hospitalo-universitaire en maladies infectieuses de Marseille) et critique fortement la méthodologie de l'étude[40]. La société savante propriétaire du journal dans lequel les résultats ont été publiés admet que la publication n'est pas au niveau attendu par la société (du fait en particulier d'un manque de justification des critères de sélection et triage des patients)[41], mais réfute l'idée d'un conflit d'intérêt : pour elle, le processus d'évaluation par les pairs avant publication a été respecté, car Jean-Marc Rolain, étant un des coauteurs de l'article, n'a pas participé à l'évaluation. La société et l'éditeur du journal Elsevier lancent ensuite une évaluation indépendante supplémentaire pour déterminer si les préoccupations concernant l'article sont fondées[42],[43].

Prix et distinctions[modifier]

En 2016, elle reçoit le Microbiome Pioneer Award, prix réservé aux jeunes scientifiques dans le domaine du microbiome, qu'elle reçoit pour sa contribution à la science en éditant et publiant le blog Microbiome Digest[44],[45].

En 2019 elle reçoit une citation spéciale du Prix Maddox pour « l'extraordinaire contribution apportée au cours de l'année écoulée par Elisabeth Bik du Science Integrity Digest, qui a découvert qu'environ deux tiers des images dupliquées dans les articles biomédicaux semblent l'avoir été intentionnellement » [20].

Références[modifier]

  1. ↑ (en) Alison Abbott, « The science institutions hiring integrity inspectors to vet their papers », Nature, vol. 575,‎ , p. 430–433 (DOI 10.1038/d41586-019-03529-w, lire en ligne, consulté le 12 avril 2020)
  2. ↑ 2,0 et 2,1 (en) Dalmeet Singh Chawla, « A single ‘paper mill’ appears to have churned out 400 papers, sleuths find », sur Science | AAAS, (DOI 10.1126/science.abb4930, consulté le 15 avril 2020)
  3. ↑ 3,0 et 3,1 (en-US) Mohana Basu, « Researchers flag over 400 'dubious papers' published in China in last 3 years », sur ThePrint, (consulté le 15 avril 2020)
  4. ↑ 4,0 et 4,1 (en) Elisabeth Bik, « The Tadpole Paper Mill », sur Science Integrity Digest, (consulté le 15 avril 2020)
  5. ↑ 5,0 5,1 5,2 et 5,3 (en) « I have found about 2,000 problematic papers, says Dr. Elisabeth Bik », sur Editage Insights, (consulté le 7 décembre 2019)
  6. ↑ 6,0 et 6,1 (en) « Science Integrity Digest » (consulté le 7 décembre 2019)
  7. ↑ 7,0 et 7,1 (en) « The Last Word On Nothing | The Fraud Finder: A conversation with Elisabeth Bik » (consulté le 7 décembre 2019)
  8. ↑ (en) Frits R. Mooi et Elisabeth M. Bik, « The evolution of epidemic Vibrio cholerae strains », Trends in Microbiology, vol. 5, no 4,‎ , p. 161–165 (DOI 10.1016/S0966-842X(96)10086-X, lire en ligne, consulté le 7 décembre 2019)
  9. ↑ (en) « Elisabeth Bik », sur LinkedIn
  10. ↑ (en) « PeerJ - Profile - Elisabeth Bik » (consulté le 7 décembre 2019)
  11. ↑ (en) « Elisabeth Bik », sur Microbiome Digest - Bik's Picks, (consulté le 7 décembre 2019)
  12. ↑ (en) P. B. Eckburg, « Diversity of the Human Intestinal Microbial Flora », Science, vol. 308, no 5728,‎ , p. 1635–1638 (ISSN 0036-8075 et 1095-9203, PMID 15831718, PMCID PMC1395357, DOI 10.1126/science.1110591, lire en ligne, consulté le 7 décembre 2019)
  13. ↑ (en) E. M. Bik, P. B. Eckburg, S. R. Gill et K. E. Nelson, « Molecular analysis of the bacterial microbiota in the human stomach », Proceedings of the National Academy of Sciences, vol. 103, no 3,‎ , p. 732–737 (ISSN 0027-8424 et 1091-6490, PMID 16407106, PMCID PMC1334644, DOI 10.1073/pnas.0506655103, lire en ligne, consulté le 7 décembre 2019)
  14. ↑ (en) Elisabeth M Bik, Clara Davis Long, Gary C Armitage et Peter Loomer, « Bacterial diversity in the oral cavity of 10 healthy individuals », The ISME Journal, vol. 4, no 8,‎ , p. 962–974 (ISSN 1751-7362 et 1751-7370, PMID 20336157, PMCID PMC2941673, DOI 10.1038/ismej.2010.30, lire en ligne, consulté le 7 décembre 2019)
  15. ↑ (en) Elisabeth M. Bik, Elizabeth K. Costello, Alexandra D. Switzer et Benjamin J. Callahan, « Marine mammals harbor unique microbiotas shaped by and yet distinct from the sea », Nature Communications, vol. 7, no 1,‎ , p. 10516 (ISSN 2041-1723, PMID 26839246, PMCID PMC4742810, DOI 10.1038/ncomms10516, lire en ligne, consulté le 7 décembre 2019)
  16. ↑ (en) « QIAGEN announces winners of 2018 Microbiome Awards competition », sur corporate.qiagen.com (consulté le 21 avril 2020)
  17. ↑ 17,0 17,1 17,2 et 17,3 (en) « Eye for Manipulation: A Profile of Elisabeth Bik », sur The Scientist Magazine® (consulté le 7 décembre 2019)
  18. ↑ Elisabeth M. Bik, Sara W. Bird, Juan P. Bustamante et Luis E. Leon, « A novel sequencing-based vaginal health assay combining self-sampling, HPV detection and genotyping, STI detection, and vaginal microbiome analysis », PLOS ONE, vol. 14, no 5,‎ , e0215945 (ISSN 1932-6203, PMID 31042762, PMCID PMC6493738, DOI 10.1371/journal.pone.0215945, lire en ligne, consulté le 15 avril 2020)
  19. ↑ (en) Christina Farr, « Insiders describe aggressive growth tactics at uBiome, the health start-up raided by the FBI last week », sur CNBC, (consulté le 15 avril 2020)
  20. ↑ 20,0 et 20,1 (en) « Maddox Prize 2019 – Sense about Science » (consulté le 7 décembre 2019) : « they wanted to draw attention to the extraordinary contribution made over the past year by Elisabeth Bik of Science Integrity Digest, finding about two-thirds of duplicated images in biomedical papers appear to have been duplicated on purpose »
  21. ↑ (en-US) Ivan Oransky, « Meet Elisabeth Bik, who finds problematic images in scientific papers for free », sur Retraction Watch, (consulté le 7 décembre 2019)
  22. ↑ (en) « PubPeer - Search publications and join the conversation. » (consulté le 7 décembre 2019)
  23. ↑ 23,0 et 23,1 (en) R. Prasad, « Manipulation within a photo should always result in a retraction: Elisabeth Bik », The Hindu,‎ (ISSN 0971-751X, lire en ligne, consulté le 15 avril 2020)
  24. ↑ (en) Daniele Fanelli, Rodrigo Costas, Ferric C. Fang et Arturo Casadevall, « Testing Hypotheses on Risk Factors for Scientific Misconduct via Matched-Control Analysis of Papers Containing Problematic Image Duplications », Science and Engineering Ethics, vol. 25, no 3,‎ , p. 771–789 (ISSN 1471-5546, PMID 29460082, PMCID PMC6591179, DOI 10.1007/s11948-018-0023-7, lire en ligne, consulté le 15 avril 2020)
  25. ↑ Michel Dubois et Catherine Guaspare, « « Is someone out to get me? » : la biologie moléculaire à l’épreuve du Post-Publication Peer Review », Zilsel, vol. N°6, no 2,‎ , p. 164 (ISSN 2551-8313 et 2553-6133, DOI 10.3917/zil.006.0164, lire en ligne, consulté le 15 avril 2020)
  26. ↑ (en) Elisabeth M. Bik, Arturo Casadevall et Ferric C. Fang, « The Prevalence of Inappropriate Image Duplication in Biomedical Research Publications », mBio, vol. 7, no 3,‎ , e00809–16, /mbio/7/3/e00809–16.atom (ISSN 2150-7511, PMID 27273827, PMCID PMC4941872, DOI 10.1128/mBio.00809-16, lire en ligne, consulté le 7 décembre 2019)
  27. ↑ David Larousserie, « Dans les labos, des petits arrangements avec la science », Le Monde.fr et Le Temps.ch,‎ (lire en ligne, consulté le 13 avril 2020)
  28. ↑ (en) Tom Bartlett, « Hunting for Fraud Full Time », sur chronicle.com,
  29. ↑ (en) « Eye for Manipulation: A Profile of Elisabeth Bik », sur The Scientist Magazine® (consulté le 19 avril 2020)
  30. ↑ (en) Elisabeth M. Bik, Ferric C. Fang, Amy L. Kullas et Roger J. Davis, « Analysis and Correction of Inappropriate Image Duplication: the Molecular and Cellular Biology Experience », Molecular and Cellular Biology, vol. 38, no 20,‎ , e00309–18, /mcb/38/20/e00309–18.atom (ISSN 0270-7306 et 1098-5549, PMID 30037982, PMCID PMC6168979, DOI 10.1128/MCB.00309-18, lire en ligne, consulté le 7 décembre 2019)
  31. ↑ « La revue prédatrice Oncotarget, adulée par certains oncologues, a le plus fort taux de duplications d'images (14 % des articles) », sur Rédaction Médicale et Scientifique,
  32. ↑ (en) Daniele Fanelli, Rodrigo Costas, Ferric C. Fang et Arturo Casadevall, « Testing Hypotheses on Risk Factors for Scientific Misconduct via Matched-Control Analysis of Papers Containing Problematic Image Duplications », Science and Engineering Ethics, vol. 25, no 3,‎ , p. 771–789 (ISSN 1353-3452 et 1471-5546, PMID 29460082, PMCID PMC6591179, DOI 10.1007/s11948-018-0023-7, lire en ligne, consulté le 7 décembre 2019)
  33. ↑ (en) Dan Quintana, « 74: Seeing double (with Elisabeth Bik) » [audio], sur Everything Hertz (consulté le 25 avril 2020)
  34. ↑ (en) Elisabeth #StayingAtHome #StayingAlive Bik, « I am ringing the alarm. We have now found >400 papers that all share a very similar title layout, graph layout, and (most importantly) the same Western blot layout. This is a massive #PaperMill of (what we assume) fabricated data. », sur @MicrobiomDigest, 2020t02:00 (consulté le 19 avril 2020)
  35. ↑ (en) Leonid Schneider, « Chloroquine genius Didier Raoult to save the world from COVID-19 », For Better Science,‎ (lire en ligne, consulté le 30 mars 2020).
  36. ↑ (en) Elisabeth Bik, « Thoughts on the Gautret et al. paper about Hydroxychloroquine and Azithromycin treatment of COVID-19 infections », Science Integrity Digest,‎ (lire en ligne, consulté le 1er avril 2020).
  37. ↑ Mathilde Goupil, « Coronavirus : qui est Didier Raoult, la "star mondiale" de la microbiologie qui assure avoir trouvé le remède contre le Covid-19 ? », sur Franceinfo, (consulté le 30 mars 2020)
  38. ↑ « Didier Raoult, l’infectiologue marseillais derrière la folie planétaire autour de l’hydroxychloroquine », Le Monde,‎ (lire en ligne, consulté le 25 mars 2020)
  39. ↑ « Nomination du Pr Jean-Marc Rolain au titre d’Editeur en chef de la revue International Journal of Antimicrobial Agents / Actualités », sur www.paca.inserm.fr (consulté le 10 avril 2020)
  40. ↑ Marcus Dupont-Besnard, « Chloroquine : les graves erreurs scientifiques de la méthode Raoult », sur Numerama,
  41. ↑ (en-US) admin, « Publisher Now Says Study Touting Hydroxychloroquine as COVID-19 Cure Doesn’t Meet Its ‘Standard’ », sur News Parliament, (consulté le 17 avril 2020) : « The ISAC Board believes the article does not meet the Society’s expected standard, especially relating to the lack of better explanations of the inclusion criteria and the triage of patients to ensure patient safety »
  42. ↑ (en) M. T. C. Media, « ISAC / Elsevier Statement | International Society of Antimicrobial Chemotherapy », sur www.isac.world (consulté le 13 avril 2020)
  43. ↑ Pauline Moullot, « Dans quelles revues ont été publiées les études de Didier Raoult ? », sur Libération.fr, (consulté le 19 avril 2020)
  44. ↑ (en) « Stanford Microbiome Pioneer Elisabeth Bik Becomes New Science Editor at uBiome », sur PRWeb (consulté le 21 avril 2020)
  45. ↑ (en) eliesbik, « Award », sur Microbiome Digest - Bik's Picks, (consulté le 21 avril 2020) : « she was awarded Stanford’s prestigious “Microbiome Pioneer” award for her ongoing contributions to science in editing and publishing Microbiome Digest. »

Liens externes[modifier]

  • Erreur Lua dans Module:Autorité à la ligne 424 : attempt to index field 'wikibase' (a nil value).
  • Erreur de script : le module « Bases recherche » n’existe pas.
  • (en) Le blog Microbiome Digest
  • (en) Le blog Science Integrity Digest

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